Die Basler Mission ist als Verein mit institutionellen Mitgliedern organisiert.

Mitgliedervereine sind die Basler Mission deutscher Zweig (BMDZ) in Deutschland, der Evangelische Arbeitskreis für Weltmission (EAWM) in Österreich und der Kollektenverein in der Schweiz.

Die Basler Mission unterstützt ihre eigenen Mitgliedervereine finanziell, damit diese optimiert zugunsten von Mission 21 und deren Partnerorganisationen arbeiten können.

Die Delegierten der Mitgliedervereine treffen sich jährlich zur öffentlich zugänglichen Abgeordnetenversammlung dem obersten Organ der nach Schweizer Vereinsrecht organisierten Basler Mission.