Die Basler Mission ist seit 2025 als Stiftung gemäss den Artikeln 80 ff. des Schweizerischen Zivilgesetzbuchs organisiert. Der Stiftungsrat verantwortet die Besorgung der der Basler Mission gemäss Stiftungsstatut anvertrauten Geschäfte.

Die ehemaligen Mitgliedervereine des Vereins Basler Mission (von 2001 bis Ende 2024), die Basler Mission deutscher Zweig (BMDZ) in Deutschland und der Evangelische Arbeitskreis für Weltmission (EAWM) in Österreich sind der Basler Mission heute als in der Aufgabe verbundene Vereine zugewandt. Der dritte Mitgliederverein, der Kollektenverein in der Schweiz, hat sich 2024 aufgelöst.

Die Basler Mission unterstützt ihre ehemaligen Mitgliedervereine, damit diese optimiert zugunsten von Mission 21 und deren Partnerorganisationen arbeiten können.

Mit den ehemaligen Mitgliedervereinen bestehen heute weiterhin informelle und persönliche Kontakte.